AÜSBF'de Uluslararası İlişkiler ve Siyaset Bilimi, York Üniversitesi'nde (İngiltere) Kadın Araştırmaları okudu ve "Women and Religion: Discourses of Domination and Resistance" (Kadınlar ve Din: Baskı ve Direnme Söylemleri) adlı bir tez yazdı. Doktorasını AÜSBF’de siyaset bilimi dalında tamamlayan yazar, çeşitli gazete ve dergilerde feminist edebiyat eleştirisi, tarih, siyaset ve felsefe alanlarında yazılar yayımladı; yazılarından bir bölümü Kadın Olmak, Yaşamak, Yazmak (Pencere, 1992) adlı kitapta toplandı. Tektanrılı Dinler Karşısında Kadın (Metis, 1996) adlı kitabı İngilizcede 1998 yılında Black Rose Books tarafından yayımlandı. Sonraki kitabı Tarihin Cinsiyeti (Metis, 2003) Arapçaya çevrilerek Dar Kreideh yayınevi (Beyrut) tarafından 2009’da yayımlandı. Yazarın Politikanın Çağrısı (İstanbul Bilgi Üniversitesi, 2010) adlı bir kitabı daha yayımlanmıştır. İÜSBF’de Siyasal Düşünce Tarihi, Siyaset Teorisi ve Feminist Teoriler dersleri veren Fatmagül Berktay’ın ilgi odağını, "politika" ve "politik olan"a ilişkin alışılagelmiş kavramsallaştırmaların ötesine geçmeyi hedefleyen eleştirel teori oluşturuyor.