1954’te İstanbul’da doğdu, Rami’de ve Fatih’te yetişti, İstanbul Erkek Lisesi’nde ve Robert Lisesi’nde okudu. Doktorasını 1987’de McGill Üniversitesi İslami Araştırmalar Enstitüsü’nde tamamladı. 1985’ten itibaren dört yıl Princeton Üniversitesi Yakındoğu Araştırmaları Bölümü’nde ders verdi, ardından Harvard Üniversitesi’ne geçti. 1990’dan beri Harvard Tarih Bölümü’nde görev yapıyor. 1999-2004 arasında ve 2009-2010’da üniversitesindeki Ortadoğu Araştırmaları Merkezi’nin (CMES) müdürlüğünü yaptı. 2010 yılında Cumhurbaşkanlığı Kültür ve Sanat Büyük Ödülü’nü almış olan Kafadar özellikle modern dönemin öncesinde ve başlarında Ortadoğu’da ve Güneydoğu Avrupa’da sosyal ve kültürel tarihle ilgileniyor.