Sei Şonagon'un 965 ya da 966 yılında doğduğu tahmin ediliyor, ölüm tarihiyse bilinmiyor, ama o dönemki kaynaklar tarandığında 1017 yılına kadar kesinlikle yaşamış olduğu anlaşılmış. Yastıkname'de yazdıkları dışında hayatı hakkında pek fazla bilgi yok. Ön adı bile bilinmiyor; "Sei", soyadı Kiyovara'nın ilk karakterinin Çince'deki okunuşu, "Şonagon" ise o dönemin Japon sarayında belli işlerle görevli nedimeler için kullanılan genel bir unvan. Yastıkname'de anlatmadığı halde hakkında bilinenler şunlardan ibaret denebilir: Anakronizme düşmeyi göze alarak günümüze ait bir kavramı kullanacak olursak "üst orta sınıftan" bir aileden geliyormuş; birçok sanatçı yetiştirmiş bu ailede (mesela babası Heian döneminin en ünlü şiir antolojilerinden birini hazırlayanlar arasında yer almış) o zamanki standartlara göre son derece iyi bir eğitim almış (genellikle soylu erkeklerin ayrıcalık ve statü simgesi olarak kullandıkları Çince'yi ve Çin kültürünü gayet iyi bildiği ve bu bilgisiyle saraylı erkekleri şaşırttığı kitapta anlatılan birkaç olayda da görülüyor); 983 yılında Taçibana Norimitsu ile evlenmiş, o yıl ve 986 yılında yapılan edebiyat toplantılarında dikkat çekmiş, 990 yılı civarında hizmetine girdiği İmparatoriçe Sadako (ya da Teişi) 1000 yılında ölünce saraydan ayrılmış ve Fujivara Muneyo ile evlenmiş.

Hakkında birçok ayrı yerde çeşitli efsane ve dedikodular üretilmiş olduğunu gören uzmanlar Sei Şonagon'un hayatının son yıllarında bol bol seyahat etmiş olduğu tahmininde bulunuyorlar.